Som vanligt är det Link du har kontrollen över, men den här gången kan vår grönklädde hjälte ta kontroll över Zeldas själ. Stora rustningar – kallade Phantoms – kan tas över av Zelda och sedan kontrolleras av Link. Phantoms storlek och enorma styrka gör den både till en pussellösare och en slagskämpe av rang. Den kan till exempel blockera eldsprutande faror genom att täcka de farliga flammorna och bära Link över lavasjöar.
Efter att ha seglat omkring på havet i både The Wind Waker och Phantom Hourglass har Link blivit dyngsur av allt vatten. För att få honom på bättre humör har Nintendo försett världen i Spirit Tracks med räls och det betyder att Link blivit lokförare. Kanonen från de tidigare spelen har han dock kvar, och den rensar effektivt undan fiender som ställer sig i vägen och hindrar hans framfart. Zelda hänger även med på tågresorna och kommer med goda råd och tips om hemligheter.
Precis som i föregångaren kan upp till fyra spelare tävla mot varandra, även om onlinefunktionen har fått ge vika denna gång. Sex varierande banor finns att välja på, och målet är att samla fler Force Gems än motståndarna. Banorna är fulla av faror, och som inte det vore nog går det även att rycka åt sig föremål som gör att man till exempel kan placera fallgropar eller bli osårbar.